案件背景：

葡萄牙的一家A公司在中国上海设立了一家外商独资企业S公司，现该葡萄牙公司要将其在S公司的股权给另外一家境外的M公司，转让价款高于股权净值。请问，葡萄牙A公司就S公司股权转让的收入是否需要向中国税务机构缴纳企业所得税？
 
法律分析：
根据我国《企业所得税法》及相关税收征管法律法规的规定，我国根据企业注册地及实际管理机构所在地的不同，在税法上将企业分为居民企业与非居民企业。
 
经了解，本案中葡萄牙A公司系境外设立的公司，在中国中国境内未设立机构、场所，对于其股权转让所得，该收入属于企业所得税法第三条第三项规定的非居民企业在中国境内未设立机构、场所的而取得的来源于中国境内所得，适用企业所得税优惠税率10%。
 
 
根据《企业所得税法》第五十八条的规定　中华人民共和国政府同外国政府订立的有关税收的协定与本法有不同规定的，依照协定的规定办理。该条确立了条约优先适用的原则。
 
经查询，一九九八年四月二十一日，中葡双方在北京签订了《中华人民共和国政府和葡萄牙共和国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》并已生效。该协定第十三条规定了财产收益的情况：
 
一、缔约国一方居民转让第六条所述位于缔约国另一方的不动产取得的收益，可以在该缔约国另一方征税。
二、转让缔约国一方企业在缔约国另一方的常设机构营业财产部分的动产，或者缔约国一方居民在缔约国另一方从事独立个人劳务的固定基地的动产取得的收益，包括转让常设机构（单独或者随同整个企业）或者固定基地取得的收益，可以在该缔约国另一方征税。
三、缔约国一方企业转让从事国际运输的船舶或飞机，或者转让属于经营上述船舶、飞机的动产取得的收益，应仅在该缔约国征税。
四、转让一个公司财产股份的股票取得的收益，该公司的财产又主要由位于缔约国一方的不动产所组成，可以在该缔约国一方征税。
五、转让第一款至第四款所述财产以外的其他财产取得的收益，应仅在转让者为其居民的缔约国征税。
 
运用排除法，可以确定本案中葡萄牙A公司转让其持有的S公司股权转让收入，不属于该协定第十三条第一款至第四款所述的情况。而根据该第十三条第五款规定，葡萄牙A公司仅应在葡萄牙被征税，中国税务机关不能对该笔股权转让收入进行征税。